Ungleich besser wird die Überlieferungslage mit der Neuerung, die durch die sog. erste Melker Reform eingeleitet wurde. Damals wurden in den Visitationsurkunden, aber auch in zahlreichen Traktaten, die Missstände angeprangert, wodurch wir einiges über die tatsächliche Musikpraxis erfahren können; weitaus deutlicher ist allerdings das positive Bild, das wir aus den Vorschriften kennen lernen, die in den Consuetudines – zunächst den Sublacenses/Mellicenses, schließlich ab den 1460er Jahren selbst den Mellicenses – für die Musikpflege niedergeschrieben wurden. In mancher Hinsicht vielleicht sogar ein Rückschritt (insbesondere was die Verwendung von Instrumenten und der Mehrstimmigkeit während der Liturgie betraf), ging es bei der musikalischen Gestaltung des Gottesdienstes um die alleinige Unterstützung der Aussagekraft des Wortes. So galt die Aufmerksamkeit nicht nur dem Psalmodieren (Psalm) bzw. dass jeweils die Mittel-Pausen eingehalten würden. In den Visitationsrezessen wird immer wieder darauf hingewiesen, dass die Melodien nicht „more Italorum saltatice necnon modum choreizantium“ sein sollten. (Es steht allerdings doch zu fragen, ob hier nicht gemeint ist, dass die Melodien ruhig verlaufen sollen; dem Wort „chorea“ ist in diesem Fall nicht die Bedeutung des antiken Latein beizumessen.)
Brachte das Mittelalter in erster Linie musikalisch-liturgische Zeugnisse im Kloster hervor, so änderte sich dies im Laufe der Neuzeit immer mehr. Die Situation des 16. Jh.s sieht in M. nicht anders als in vielen anderen Klöstern aus. Eine Krise (nicht nur des geistlichen Lebens) entstand durch das Eindringen des Protestantismus, der viele Mönche aus dem Kloster abzog, weil er mit seinen neuen Ideen auch neue Perspektiven zu öffnen schien. (Man darf die Abwanderung aus den Klöstern nicht nur einseitig als die willkommene Gelegenheit, heiraten zu können, sehen. Viele der Mönche hatten sich durchaus mit dem Gedankengut Martin Luthers auseinandergesetzt.) Trotz aller Reformbemühungen waren zunächst die Ergebnisses in der 2. Hälfte des 16. Jh.s eher schlecht. Die verschiedensten Berichte – Visitationsprotokolle, im Zuge der Gegenreformation durchgeführte Prüfungen – zeigen zunächst noch recht unbefriedigende Ergebnisse, was die Qualität der Sänger, der musikalischen Gestaltung des Gottesdienstes betrifft, noch unter Abt Ulrich Perntaz (1564–87) gab es Anlass zur Klage. Der Klosterhauptmann hatte vorgesehen, dass das Amt des Cantors und des Succentors zusammengezogen würden. In den 1570er Jahren aber griff deutlich die Besserung der allgemeinen Situation im Religiösen, im geistlichen Status des Stiftes auch auf die Qualität der Musikpflege über. In zunehmendem Maße, d. h. mit fortschreitender Zeit, wurde es üblich, dass die „pueri“ nicht nur im Rahmen der Liturgie eingesetzt wurden, sondern durchaus auch Dienst zu tun hatten, um „Feste“ – Empfänge des Kaisers und anderer hochgestellter Persönlichkeiten – durch ihre Darbietungen in Begleitung von Instrumenten in ihrer Bedeutung zu unterstreichen. Es kam auch nicht selten Lob seitens der „Gäste“ zurück; besonders hervorzuheben ist hier, dass nicht selten „Schüler“ aus dem Kloster in die Hofmusikkapelle übernommen wurden. Für die Zeit des ausgehenden 16. und v. a. im 17. Jh. lassen sich die Pflege der Musik und der darstellenden Kunst, die ja nicht selten in engster Verbindung standen, immer dann besonders gut belegen, wenn diese Aufführungen vor dem Kaiser oder Angehörigen der kaiserlichen Familie stattfanden. Die besten Belege sind dafür immer wieder entsprechende Danknoten.
Aber schon für das ausgehende 17., insbesondere aber ab dem 18. Jh. – das ja für die Geschichte des Klosters nicht nur durch den Neubau deutliche Zeichen seines Selbstverständnisses in die Umwelt sandte – sind nicht nur im geistlichen Bereich, wie etwa die strengere Überwachung der Einhaltung der Chorgebetszeiten durch die Mönche, sondern auch in der Musikpflege neue Impulse nachweisbar. Man möchte ja beinahe bezweifeln, dass angesichts so reger Bautätigkeit, die naturgemäß äußerste Unruhe in das Kloster bringen musste, trotzdem die Prioratsephemeriden den „status vivendi“ minutiös verzeichneten, und dabei, von wenigen Ausnahmen abgesehen, das Bild von einem gut funktionierenden Kloster verzeichneten. Wieder ist es der Prior, nicht der Abt – der ja auch ganz andere Sorgen hatte –, der uns diese Berichte überliefert. Wir haben aber durch die vielfältige wissenschaftliche Forschung, die im Hause betrieben wurde, auch für das musikalische Leben nun weitaus zuverlässigere Unterlagen.
Der 18.7.1701 ist in diesem Zusammenhang wohl ein ganz deutliches Zeichen für den Weg in eine neue Zeit: anlässlich der Weihe Berthold Dietmayrs zum Abt wurde von J. J. Fux die Oper Neo-Exoriens Phosphorous komponiert, ein Stück ganz im Stil des jesuitischen Schuldramas. Zur Aufführung kamen nicht nur der Hofkapellmeister selbst, sondern auch Musiker und Schauspieler vom Hof nach M. – ein deutliches Zeichen der Verbundenheit zwischen den Habsburgern und dem Kloster, insbesondere dem Abt. Nun darf dies offenbar nicht nur der Dietmayr gerne nachgesagten „Prunksucht“ angelastet werden, denn immerhin war ihm die Pflege des Chorgebetes in musikalisch möglichst korrekter Form so wichtig, dass er an die Seite des Regens chori einen „Instructor in cantu chorali“ setzte.
Martin Kropff verzeichnete in seiner „Bibliotheca Mellicensis“ nicht nur die schriftstellerisch bedeutsamen Mitglieder des Klosters seit dessen Anfängen, sondern auch die (wenigen) ihm bekannten Musiker. War der „status vitae monasticae“ so, wie es der Regula Benedicti, mehr aber noch den diversen Consuetudines entsprechend sein sollte, dann war die Musikpflege in der Regel ebenfalls kein Problem – man sah in der Heranbildung der Musiker und Sänger in erster Linie eine Vorbereitung für die Liturgie. Dass dem Kloster aber durch die doch nicht so seltenen kaiserlichen bzw. landesherrlichen Besuche auch noch andere Aufgaben in dieser Hinsicht erwuchsen, zog einerseits große Künstler in dieses Haus, andererseits war man nicht selten doch in diesen Aufgaben zu sehr auf die äußerliche Form konzentriert.
Im ausgehenden 17., im 18. und v. a. im beginnenden 19. Jh. war eine Vielzahl von Musikern in M. tätig, die nicht nur hier – als Mönche dem Hause verbunden – wirkten, sondern auch als Lehrer und Gäste ins Haus kamen. Sei es, weil man sich dringend um sie bemüht hatte, sei es, weil diese, aufgrund der Bekanntschaft mit hier ansässigen Geistlichen, ebenfalls hier musizieren wollten. Unter den Konventualen seien zunächst A. Baumgartner, Leonhard Thonhauser († 26.4.1759), Philibert Utz und C. Fröhlich genannt. Bedeutender Lehrer war P. R. Kimmerling, der, selbst Schüler J. Haydns, P. M. Paradeiser, P. R. Helm, Achaz Müller, Gregor Mayer, Cajetan Andorfer und M. Stadler unterrichtete. Er holte aber auch bedeutende Musiker ins Haus; darunter besonders erwähnenswert sind W. A. Mozart, der sich 1767/68 zweimal im Kloster aufhielt, sowie u. a. J. G. Albrechtsberger, der als Stiftsorganist vor seiner Ernennung zum Hoforganisten in M. Werke von J. J. Fux, A. Caldara, G. B. Pergolesi, Carl Heinrich Graun und G. F. Händel zur Aufführung brachte. Gefeiert wurde zu jeder Gelegenheit, zu Namensfesten, Infulationsfeiern und Jahrestagen der Abtwahlen; für alle diese Gelegenheiten benötigte man „Musik“, deren Pflege im 18. Jh. einen bedeutenden Höhepunkt erfuhr, bevor die Reformen Josephs II. tiefe Einschnitte ins klösterliche Leben brachten. Zwar komponierte der Schüler Albrechtsbergers, F. Schneider, unter denkbar widrigsten Umständen, als sich die josephinischen Reformen auf ihrem Höhepunkt befanden, eine Festmesse anlässlich des 200-jährigen Bestehens des Klosters, allerdings wurde schon bald die Schule nach St. Pölten verlegt, das Konvikt aufgelöst. Nur wenige Sängerknaben verblieben im Kloster.
Nach einer kurzen Phase des Niedergangs wurde unter Abt Anton Reyberger (1810–18) 1811 wieder ein Konvikt eröffnet; für die Musikpflege waren Florian Mainoli († 1849), Robert Stipa (1781–1850), F. Schneider und P. A. Krieg verantwortlich. Musik von M. Haydn ist besonders zahlreich innerhalb des Kirchenrepertoires der 1. Hälfte des 19. Jh.s vertreten.
In der Biedermeierzeit kam es zwar zu einer neuerlichen Adaptierung der sog. Kaiserzimmer; diese wurden allerdings von der kaiserlichen Familie dann nicht mehr genützt. Musik blieb nun für weltliche und geistliche Feiern für den Konvent bedeutend. – Eine Vielzahl an erhaltenen Instrumenten aus dem 18. und 19. Jh. gibt Zeugnis davon (z. B. Viola von G. Aman oder Giraffenklavier, Heinrich Janssen, 1. Hälfte 19. Jh.).
Neben dem vorrangigen Bemühen, die Liturgie besonders feierlich zu gestalten, zählten natürlich, wie schon in der Zeit davor, Geburtstage, Namenstage, Jubiläen von Äbten, mitunter auch Prioren zu den Anlässen, zu welchen speziell Musik komponiert und Stücke geschrieben wurden. So sei als Beispiel eine Kantate genannt, die vom Gymnasium als Huldigung anlässlich der 50. Wiederkehr der Priesterweihe von Abt Marian Zwinger (1819–37) aufgeführt wurde. Ebenso beeindruckend lesen sich die Programme der sog. Abendmusiken, die damals aufgeführt wurden (Abendunterhaltung).
Das 20. Jh. brachte im Zuge der historischen Entwicklungen ein diesen jeweils entsprechendes musikalisches Leben; besonders intensiv bemühten sich A. Trittinger, dessen besonderes Verdienst u. a. seine Initiativen für die Aufführungsreihe des „M.er Oratoriums“ war, P. Bruno Brandstetter u. v. a., die Musik tiefer im schulischen Leben, auch seit der Aufnahme von Mädchen ins Gymnasium, und in verschiedenen Chören zu verankern; die vielfältigen Aufführungen, die heute (2004) zustande kommen, geben Zeugnis für den hohen Status, den die Musik, in erster Linie für den Gottesdienst, aber auch in profanen Aufführungen, gewonnen hat.
Bericht über den Musikzustand des löbl. Stiftes Mölk in alter und neuer Zeit in MusAu 3 (1982); [Kat.] 900 Jahre Benediktiner in M. Jubiläumsausstellung 1989, 1989; J. F. Angerer (Hg.), Breviarium caeremoniarum Monasterii Mellicensis 1987; J. F. Angerer, Lat. und dt. Gesänge aus der Zeit der M.er Reform 1979; Freeman 1989; K. Hallinger in [Fs.]H. de Boor 1971; K. Hallinger in Untersuchungen zu Kloster und Stift 1980; E. Höchtl, Die adiastematisch notierten Fragmente aus den Hss. der Stiftsbibliothek M., Diss. Wien 1991; M. Ch. Nequette, Music in the manuscripts at the Stiftsbibliothek of abbey M. 1983; M. Niederkorn-Bruck, Die M.er Reform im Spiegel der Visitationen 1994; Ch. Glaßner, Inventar der Hss. des Benediktinerstiftes M. 1990; Ch. Glaßner/A. Haidinger, Die Anfänge der M.er Bibliothek 1996; I. F. Keiblinger, Gesch. des Benedictinerstiftes M. in Niederösterreich, seiner Besitzungen und Umgebungen. Bd. 1: Gesch. des Stiftes 21868; F. W. Riedel in Unsere Heimat 36 (1965); MGG 6 (1997); R. Flotzinger in G. Fornari (Hg.), [Fs.] A. Dunning 2002; Chorbll. 6/1 (1950), 20.