Aus der Römerzeit besitzt Österreich sowohl Darstellungen z. B. von Querflöte und Syrinx spielenden Hirten auf einem Fresko vom Magdalensberg (Klagenfurt, Landesmuseum) oder des Paris mit seinem syrinxspielenden Diener Agelaos auf einem Grabstein aus Waltersdorf (Schloss Eggenberg/Graz, Lapidarium) als auch eine außergewöhnlich gut erhaltene, noch spielbare Knochenflöte mit drei Grifflöchern aus dem 2. Jh. (aus Flavia Solva, heute: Landesmuseum Joanneum Graz) und ein paar Knochenpfeifchen, die möglicherweise als Signalinstrumente bei der Jagd oder als Kinderspielzeug Verwendung gefunden haben (Austria Romana).
Zu den frühesten literarischen Belegen von F.n-Instrumenten in Österreich gehört Ulrich v. Liechtensteins Schilderung seiner Fahrt nach Leoben 1227: „in den gazzen dort un hie, hort ich holerfloyten don.“ Das mittelhochdeutsche holer bezeichnet die Einhandflöte, eine Kernspaltflöte mit drei Grifflöchern, die mehrmals überblasen werden konnte und meist mit der linken Hand gegriffen wurde, während die rechte eine kleine zylindrische Trommel schlug. Die Kombination Einhandflöte (Schwegel) und Trommel (ein Spieler) begegnet uns auch auf zahlreichen Abbildungen aus dem Mittelalter und der Renaissance. Während die Einhandflöte in erster Linie für die Tanzmusik gebraucht wurde, kam die Querflöte (auch oftmals Schweizerpfeife genannt) in Verbindung mit der Trommel (zwei Spieler v. a. im militärischen Bereich (Militärmusik) zum Einsatz.
Wie z. B. aus einem Vermerk im Grazer Hofkapellen-Inventar von 1577 hervorgeht, welches „zwo groß vnd ain khlaine ledige (= unverzierte) Zwerch Pfeiffen, so zu den Concerten gebraucht werden“ ausweist, sind Querflöten im 16. Jh. auch in der Kunstmusik, da allerdings seltener, eingesetzt worden. Von den insgesamt 22 Querflöten des Grazer Inventars sind sechs als Bass- und 14 als Tenorflöten bezeichnet und zwei weitere ohne Angabe der Größe angeführt. Auch die erhaltenen Originale – insgesamt sind 43 Renaissance-Querflöten bekannt, die sich hauptsächlich in italienischen Museen (mehr als die Hälfte), in Wien, Graz, Linz und Prag befinden – legen den Schluss nahe, dass die tiefen Instrumente (die Bassflöte entspricht der heutigen Alt-Querflöte, die Tenor-F. der heutigen Diskant-F.) am gebräuchlichsten waren. Besondere Beachtung verdient die Abbildung eines Querpfeifers und eines Trommlers im Grazer Schützenbuch von Leonhard Flexel von 1568. Nicht nur der aus vier Röhren bestehende Köcher, sondern auch die mit Beinringen verzierte Querpfeife weist starke Ähnlichkeit mit den noch vorhandenen Originalen aus dem 16. Jh. im Grazer Landeszeughaus auf.
Insgesamt 32 Blockflöten verschiedener Größen listet das Grazer Hofkapellen-Inventar von 1577 auf. Heute noch erhaltene Instrumente, wie z. B. in der Sammlung des Kunsthistorischen Museums in Wien, zeigen deutlich, dass die Blockflöte in ganzen Stimmfamilien, vom Groß- oder Subbass-Instrument bis hin „zu gahr ... khlainen flöttlen“ verwendet wurde. Die Blockflöte des 16. und weitgehend auch des 17. Jh.s hatte im Prinzip eine zylindrische und im Vergleich zu späteren Instrumenten eine eher weite Bohrung. Ihr ausgesprochen grundtöniger Klang machte sie zu einem geradezu idealen, unaufdringlichen und mischungsfähigen Ensembleinstrument. Dem berühmten Bericht Massimo Troianos über die Münchener Fürstenhochzeit von 1568 nach, bei welcher auch der Grazer Hof Erzhzg. Karls II. samt Kapelle anwesend war, wurde eine 24-stimmige Messe des Grazer „obristen Musicus“ und späteren Hofkapellmeisters A. Padovano mit Sängern, Gamben, Posaunen und acht Blockflöten aufgeführt. Auch spätere Beispiele zeigen in den meisten Fällen den Einsatz der Blockflöten im mehrstimmigen Consort. So spielen z. B. in der 1682 entstandenen Missa Salisburgensis, die heute H. I. F. Biber zugeschrieben wird, 4 Flauti, von A. Bertalli stammt eine Sonata a 5 Flauti et Organo und J. H. Schmelzer verlangt sieben Blockflöten in einer seiner Tafelmusiken.
Im letzten Drittel des 17. Jh.s nimmt, von Frankreich ausgehend, ein neues Konstruktionsprinzip seinen Ausgang. Die Bohrung der Blockflöte wurde konisch und enger. Der damit verbundene obertonreichere und in der Höhe brillantere Klang ließ die Blockflöte zu einem ausdrucksstarken Soloinstrument werden. Wohl zu den frühesten Belegen für den Einsatz der neuen, dreiteiligen Blockflöte in Österreich gehört die Sinfonia für F., Oboe und Basso continuo, K 358 aus dem Concentus musico instrumentalis (1701) von J. J. Fux, in welcher Fux eine Aria italiana (Blockflöte) mit einer Aire française (Oboe) kombiniert.
Obwohl im Gegensatz etwa zu Deutschland kaum solistische Musik für die Blockflöte in Österreich entstand, erfreute sich das Instrument durchaus einiger Beliebtheit und wurde auch in Klöstern, wohl für diverse Tafelmusiken und im profanen Bereich, zur Recreatio gespielt (Klosterkultur). So erwarb z. B. bereits 1708 das Stift Kremsmünster zwei F.n von „französischem Ton“.
Allem Anschein nach verlor die Querflöte nach 1600 in der Kunstmusik stark an Bedeutung. Die ersten Hinweise auf die Verwendung des dreiteiligen (nach ca. 1720 vierteiligen) barocken Flauto traverso finden wir am Wiener Hof, wo ihn 1707 A. Bononcini in seinem Oratorium Il trionfo delle grazie und in der Oper Turno Aricino einsetzt. Wie Bononcini kombiniert auch J. J. Fux die Querflöte mit dem Chalumeau in mehreren Opern- und Oratorien-Arien. Eine Ausnahme bildet lediglich eine Arie aus der Oper Le nozze di Aurora, für welche Fux zwei Querflöten vorschreibt. Im Landesmuseum Joanneum wird eine sehr frühe Querflöte, gebaut von Jean Hotteterre (s. Abb.), Paris um 1700, verwahrt, die dem Querflöten-Typ der Fux-Zeit entspricht. Die Querflöte bleibt im Orchester allerdings noch lange ein von den Oboisten „mitbetreutes“ Instrument und wird nur „punktuell“, zur Erzielung besonderer klanglicher Effekte oder in langsamen Sätzen (noch bei W. A. Mozart üblich) eingesetzt. Erst mit der allmählichen Ausbildung des vollen klassischen Bläsersatzes nach 1770 bekommt die F. eine vollkommen eigenständige Rolle, die Spezialisten, d. h. professionelle Flötisten verlangt, zugewiesen. Die große Beliebtheit verdankt die F. einer nach 1750/60 erfolgten Veränderung der Bohrung; das „klassische“ Instrument wurde nun enger gebaut und erhielt dadurch einen obertonreicheren Klang. Dies machte die F. im Unterschied zum grundtönigeren Barockinstrument der 1. Hälfte des 18. Jh.s zur Bewältigung exponierter solistischer Aufgaben im Orchester außerordentlich geeignet. In dieser Zeit entstanden auch bedeutende Solowerke für die F. Zu nennen wären hier: W. A. Mozart, Konzerte für F. und Orchester in G-Dur, KV 285c (= 313) und D-Dur (Umarbeitung des Oboenkonzertes in C-Dur, KV 285d [= 314]), Andante für F. und Orchester, KV 285e (= 315), Konzert für F., Harfe und Orchester in C-Dur, KV 297c (= 299), Quartette für F. und Streicher; J. Haydn, Flötenquartette, Londoner Trios; Fr. Schubert, Variationen über Trockene Blumen für F. und Klavier, D 802.
Die F.n-Mode der Biedermeier-Zeit ließ zahlreiche Kompositionen für F. solo, mit Klavier, Gitarre oder anderen Instrumenten entstehen. In der ersten Hälfte des 19. Jh.s schlossen sich auch mehrere österreichische Flötisten wie z. B. K. Scholl, Anton Heberle, R. Dressler, J. E. Schmölzer u. a. der Mode der reisenden Virtuosen an.
1788 erschien in Graz eine Gründliche Anleitung die F. zu spielen nach Quantzens Anweisung von Franz Anton Schlegel, eine mit viel Geschick gemachte Kurzfassung des berühmten Lehrwerkes. An den Konservatorien in Wien und Graz, an welchen bald nach deren Gründung Klassen für F. eingerichtet wurden, standen zunächst die 1813 bei S. A. Steiner in Wien erschienene deutsche Übersetzung (und teilweise Bearbeitung) der von Johann Georg Wunderlich (1755–1819) vollendeten und 1804 in Paris erschienenen Méthode de Flûte du Conservatoire von Antoine Hugot (1761–1803), für die drei- bzw. vierklappige F. konzipiert, in Verwendung. Die rasche Entwicklung im Instrumentenbau der ersten Hälfte des 19. Jh.s und die Herausbildung eines spezifischen F.n-Baus in Wien, welcher sich lange Zeit gegen die innovative Böhm-F. behaupten konnte, ließ bald den Ruf nach neueren und eigenständigen Lehrwerken laut werden. So gab 1835 Jos. Fahrbach, erster Flötist im k. k. Hoftheater, bei Anton Diabelli und Comp. seine umfangreiche Neueste Wiener Flötenschule, op. 7 für das bereits 13-klappige Instrument heraus.
In Wien konnten sich bis zum Ende des 19. Jh.s die verkehrt konisch gebohrten F.n aus Holz, in bester handwerklicher Qualität, in erster Linie von der 1821 gegründeten Firma Ziegler gegen die sonst weitest verbreiteten zylindrischen Metallflöten Theobald Böhms behaupten. Neben Joh. Ziegler sind noch die Wiener Instrumentenbauer St. Koch und F. Hammig zu nennen. Auch in Linz (Carl Doke [ca. 1778–1826]) und Graz (Christian Gottlieb Piering [1789–1839] und Eduard Piering [1819–66], Heinrich Schweffer [ca. 1814–87]) wurden F.n bester Qualität gebaut.
Der Csakan, eine aus der Mode der Spazierstockinstrumente entstandene Spätform der Blockflöte, erfreute sich zur Biedermeierzeit in den Donauländern großer Beliebtheit. In Form von sechslöchrigen Querflöten (Schwegelpfeifen, Seitelpfeifen), die heute noch im Salzkammergut gespielt werden und den sogenannten „Brucker Almpfeiferln“, in Bau- und Spieltechnik den barocken Diskant-Blockflöten vergleichbar (allerdings um 1930 ausgestorben), ist die F. auch in der österreichischen Volksmusik zu finden.
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