Als Komponist ging H. von der letzten Welle der Musiksprache des 19. Jh.s, wie sie ihm durch Novák und Schreker vermittelt worden war, aus. Seine außerordentliche Gehördisposition und Erfahrungen mit der Volksmusik in seinem Geburtsort führten ihn bald zur Überzeugung, dass die europäische Tonsprache bereichert werden könne. Die von seinen Vorgängern nur theoretisch zugelassenen Möglichkeiten hat er in die Musikpraxis übertragen. Während sein 1. Streichquartett op. 4 (vom Havemann-Quartett 1921 beim Festival in Donaueschingen aufgeführt) oder seine Ouvertüre für Orchester op. 5 (Absolventenarbeit an der Berliner MHsch., 1920), was die Form, Harmonik und Instrumentierung betrifft, noch großzügig entworfene Werke der postromantischen bzw. -impressionistischen Linie darstellen, ist sein 2. Streichquartett op. 7 (UA Havemann-Quartett 1921 in Berlin) im Vierteltonsystem ein kühnes Experiment eines neuen Musiksystems. Beim 1. Musikfest der IGNM 1923 in Salzburg spielte das Amar-Hindemith-Quartett das 3. Streichquartett op. 12 (ebenfalls im Vierteltonsystem). Die zustimmenden Reaktionen bewogen H. dazu, auch mit anderen Instrumenten zu experimentieren. So wurden nach seinen Entwürfen Vierteltonklaviere und -harmonien (bei August Förster), -Klarinetten, -Trompeten und -Gitarren gebaut. Neue Impulse gewann H. auch durch sein Interesse an der außereuropäischen Musik; er nahm z. B. am Kongress der arabischen Musik in Kairo 1931 teil. 1930 beendete er seine Vierteltonoper Matka (Die Mutter) nach eigenem Libretto (UA 17.5.1931 München, Dirigent Hermann Scherchen). In den 1930er Jahren schrieb er auch mehrere Kompositionen im Sechsteltonsystem (u. a. 1942 die Oper Přijď království Tvé [Dein Reich komme], die unaufgeführt blieb), noch eines seiner letzten Werke ist im Fünfteltonsystem geschrieben (16. Streichquartett op. 98, UA 7.10.1967, Internationales Festival der IGNM in Prag). H.s langjähriges Experimentieren mit Mikrointervallen und Athematismus hat zu Unrecht zur Meinung geführt, dass der Komponist nur auf diese Seite seines Komponierens (die immer einen besonderen Einsatz der Interpreten verlangen) besonderen Wert gelegt habe, sodass seine übrigen Kompositionen vernachlässigt wurden. Erst in den letzten Jahren gelang es allmählich, seine Werke im Konzertrepertoire neu durchzusetzen.
Ehrenmitglied der IGNM 1957.
W (Auswahl): Klavier- bzw. Orgelkompositionen (Variationen nach einem Kanon von R. Schumann op. 1b, 1918; Sonate f. Klav. op. 3, 1919; Sechs Klavierstücke op. 6, 1920; Suiten und Phantasien f. ¼Tonklav. u. a., Phantasie bzw. Phantasie und Fuge f. Org. op. 75 a,b; Kammermusik (Fantasien f. V. Solo op. 9a u. f. V. u. Klav. [auch im ¼Ton System], f. Va., Vc., Fl., Vierteltonklar., Bassklar; 16 Streichquartette: Streichquartett Nr. 1 op. 4, 1919; Streichquartett Nr. 2 op. 7, ¼ Ton, 1920; Streichquartett Nr. 3 op. 12, ¼Ton, 1922; Streichquartett Nr. 4 op. 14, ¼Ton, 1922; Streichquartett Nr. 5 op. 14, 1/6Ton, 1923; Streichquartett Nr. 6 op. 70, ¼Ton, 1950; Streichquartett Nr. 7 op. 73 [Weihnachtsquartett]; bis Nr. 16 op. 98, 1/5Ton System, 1967; Vier Nonette op. 40, op. 41, op. 82, op. 97); Lieder- und Chorwerke (u. a. Fünf Liebeslieder aus Mähren op. 58); Bühnenwerke (Matka op. 35 [Die Mutter] nach eigenem Libretto, 1927–30, im ¼Ton System, UA München, 17.5.1931; Nová země op. 47 [Das neue Land], Libretto Ferdinand Pujman nach dem Roman von Fjodor Gladkow, 1934–36, unaufgeführt; Přijď království Tvé op. 50 [Dein Reich komme], Libretto A. H. und Ferdinand Pujman, 1937–42, im 1/6Ton System, unaufgeführt); Orchesterwerke (Ouverture op. 5, 1920; Symphonische Phantasie f. Klav. u. Orch., 1921; Cesta života [Der Weg des Lebens], symphonische Phantasie op. 46; Walachische Suite f. Orch. op. 77, Violinkonzert op. 83; Konzert f. Va. u. Orch. op. 86. [Nachlass im National Museum – Tschechisches Museum der Musik Prag, derzeit (2002) unzugänglich.]
Von der Psychologie der musikalischen Gestaltung, Gesetzmäßigkeit der Tonbewegung und Grundlagen eines neuen Musikstils 1925; Neue Harmonielehre des diatonischen, chromatischen, Viertel-, Drittel-, Sechstel- und Zwölftel-Tonsystems 1927 (tschechisch 2000); Mein Weg zur Viertel- und Sechsteltonmusik 11971, 21986. – Aufsätze in verschiedenen Zss. seiner Heimat (s. Bibliographie in Miscellanea musicologica 36 [1999]) und im Ausland.
MGG 5 (1956) u. 16 (1979); Riemann 1959 u. 1972; Československý hudební slovník osob a institucí [Tschechoslowak. Musiklex. der Personen und Institutionen] 1963; J. Vysloužil, A. H. Život a dílo [A. H. Leben und Werk] 1974 [m. WV u. Bibliographie]; J. Vysloužil (Hg.), A. H. Sborník k životu a dílu skladatele [A. H. Sammelbd. zu Leben und Werk des Komponisten] 1993 [m. WV]; H. P. Hesse/W. Thiess (Hg.), Gedanken zu A. H. 1996; NGroveD 10 (2001).