Bekannt und oft besprochen ist die enge Beziehung, die W. A. Mozart zu B. unterhielt. Mozart, der B. 1764 in London kennenlernte, wo dieser seit 1762 wirkte, und ein weiteres Mal 1778 in Paris traf, entwickelte zu dem 21 Jahre älteren, international erfolgreichen Musiker ein von herzlicher Zuneigung und wohl auch Bewunderung geprägtes Verhältnis. B., als Komponist von Mozart zeitlebens hochgeachtet, hat auf dessen Entwicklung maßgeblichen Einfluss ausgeübt. Neben allgemeinen musiksprachlichen Aspekten wie Tonfall und Melodiebildung betrifft dies insbesondere die Sinfonik: Mozarts frühe Sinfonie-Produktion 1764/65 ist ganz am Vorbild B.s orientiert. Auch dem Beginn von Mozarts eigenständigem Klavierkonzertschaffen war eine Beschäftigung mit B., nämlich die Umarbeitung von Klaviersonaten aus dessen op. 5 zu Konzerten (KV 107; frühe 1770er Jahre), vorausgegangen. Spezifische Anklänge an B. zeigen weiterhin Werke aus der Zeit um 1780 (etwa Sonaten KV 332, 333; Konzert für zwei Klaviere KV 365, Violinsonate KV 377/374e). Dokumente der produktiven Auseinandersetzung mit dem Opernkomponisten B. sind Gesangskadenzen zu einigen von dessen Arien (KV 293e; 1778) und Arien über zuvor schon von B. vertonte Texte (KV 294, KV 621, Anh. 245).
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