Ideal der ersten Mönche von Cîteaux war die Rückkehr zur Reinheit der Regel des hl. Benedikt als Fundament des abendländischen Mönchtums und die Abkehr von bis dahin erfolgten Reformen des Mönchslebens. Dazu gehörte der Verzicht auf alles Überflüssige, das Streben nach größtmöglicher Einfachheit und nach ursprünglichen Formen des Mönchtums und Hinwendung zu asketischer Armut, Handarbeit und Einsamkeit. Ihre geistige Haltung übertrugen sie konsequent auf ihre Lebensweise. Der Lebensunterhalt sollte allein durch die Handarbeit der Mönche v. a. in der Landwirtschaft erworben werden, die Klöster wurden in abgelegenen Tälern errichtet, die Ordnung des Tagesablaufes und der Gottesdienste folgten genau der Regel Benedikts. Auch für Liturgie sowie Bauweise und Ausstattung der Klöster galten strenge Einfachheit und Schmucklosigkeit. Alle Klöster wurden, um diese Regelbefolgung auf Dauer zu bewahren, zur Einheitlichkeit der klösterlichen Lebensformen (Consuetudines), der Liturgie und der Kunstpflege verpflichtet. Die Äbte der Mutterabteien hatten bei der jährlichen Visitation die genaue Regelbefolgung in den Tochterklöstern (Filiationsprinzip) zu kontrollieren. Die Äbte aller Klöster hatten sich jährlich in Cîteaux zum Generalkapitel unter dem Vorsitz des Abtes von Cîteaux zu versammeln. Dieses war die oberste gesetzgebende Autorität des gesamten Klosterverbandes, der damit die Organisationsform eines Ordens hatte. Die Beschlüsse der Generalkapitel waren für sämtliche Klöster verbindlich. Bald entstanden auch Nonnenklöster, die ebenfalls die zisterziensische Observanz hielten. Manche davon unterstanden Männerklöstern, weshalb sie durch deren Äbte visitiert wurden. Ab dem 17. Jh. wurden die Klöster in regional abgegrenzten Kongregationen zusammengefasst, deren Präsides die Visitationen der Klöster vornahmen.
Im Bemühen um die ursprüngliche Gestalt musste auch die gesamte klösterliche Liturgie neu geordnet werden, da unzählige, höchst unterschiedliche Traditionen in den benediktinischen Mönchsklöstern, besonders in Cluny/F, gepflegt wurden. Auch hier suchten sie zu den ältesten Wurzeln zurückzukehren, nämlich zur Ordnung der Gebetszeiten der Regel Benedikts und zur unter Papst Gregor d. Gr. textlich und rituell festgelegten und darauf in ganz Europa ausgebreiteten Liturgieordnung. In zwei Liturgiereformen, einer ersten um 1110, einer zweiten 1134–47 unter Abt Bernhard v. Clairvaux, die v. a. den liturgischen Gesang betraf, wurden die liturgischen Texte von Zusätzen gereinigt und die Melodien überarbeitet. Einige Anpassungen folgten noch zwischen 1172/80. Das Generalkapitel von 1147 schrieb dieses neu gestaltete Gesangsrepertoire allen Klöstern verbindlich vor. Zur eindeutigen Festlegung der Melodie verwendete man eine in Metz/F gebräuchliche Neumenschrift auf vier Linien. Das Gesamtergebnis dieser Reform wurde in einem mehrbändigen Normalkodex aufgezeichnet. Mehrmals forderte das Generalkapitel Kantoren, Äbte und Visitatoren auf, die Reinheit der ordenseigenen Liturgie- und Choralüberlieferung sorgfältig zu bewahren. Um 1500 ordnete das Generalkapitel die Drucklegung liturgischer Bücher an. Da man die im Gefolge des Konzils von Trient entstandene Editio Medicaea (1614/15) für die Urgestalt des Gregorianischen Gesanges hielt, erteilte das Generalkapitel von 1651 den Auftrag, die eigene Choralüberlieferung diesen Grundsätzen entsprechend zu erneuern. 1668, 1671, 1681 und 1690 erschienen gedruckte Liturgiebücher. Im 19. Jh. sah man mit Blick auf die Forschungsergebnisse der Solesmeser Mönche die Dringlichkeit einer neuerlichen Choralrevision (Choralreform), deren Ergebnisse um 1900 in gedruckten Gesangbüchern veröffentlicht wurden.
Die Anweisungen zum liturgischen Gesang betreffen ausschließlich die Mönchsliturgie, Laien war der Zutritt zur Klosterkirche nur in seltenen Ausnahmefällen erlaubt. Kantor und Succentor hatten für einen würdigen Ablauf der Gottesdienste zu sorgen, liturgische Dienste einzuteilen, die Mitbrüder auf das Singen im Gottesdienst (besonders die jungen Mönche in der Klosterschule) vorzubereiten und im Gottesdienst bestimmte Gesänge anzustimmen bzw. solistisch vorzutragen. Als Leiter des Skriptoriums waren sie auch für die Reinhaltung der ordenseigenen Gesangsüberlieferung verantwortlich. Die mehrmals eingeschärfte Forderung, das einstimmige Gesangsrepertoire genau einzuhalten, schloss zugleich mehrstimmiges Singen, Verwendung von Orgel oder Musikinstrumenten aus. Mehrmals verbot das Generalkapitel (1217, 1320, 1437) die eingesickerte Praxis mehrstimmigen Singens. Solche Korrekturen sind auch in den Dokumenten der Visitatoren zu finden. Nach gut 100 Jahren hatten jedoch der mächtige Impuls der Gründergeneration und die ursprünglichen Ideale ihre Aktualität verloren. Einst streng befolgte Ordensvorschriften (etwa für den Bau) wichen allgemeinen klösterlichen Usancen. Der Gebrauch der Orgel in einer Klosterkirche wurde erstmals beim Generalkapitel von 1486 erlaubt. Die österreichischen Klöster Wilhering (1354), Rein (1406) und Baumgartenberg (um 1470) dürften eine diesbezügliche Erlaubnis von den Visitatoren erhalten haben. Das Rituale Cisterciense von 1601 bringt bereits allgemein übliche Anweisungen zum Orgelspiel, mehrstimmige Musik blieb jedoch in der Klosterliturgie ausdrücklich verboten. Mehrstimmiges Musizieren dürfte v. a. durch das Aufkommen der Universitäten, das auch das Interesse der Z. geweckt hat, in die Klöster Eingang gefunden haben. Als 1384 an der Univ. Wien die theologische Fakultät errichtet wurde, wurde in deren unmittelbarer Nähe ein Studienkolleg gegründet, wo Z. in einer klosterähnlichen Gemeinschaft ihrer Observanz entsprechend lebten und die Artistenfakultät besuchten. Das enge Zusammenwirken der Artistenfakultät mit der Kollegiatskirche St. Stephan und deren Schule ermöglichte den Studierenden vielfältige musikalische Erfahrungen. Dadurch brachten Mönche auch neue musikalische Praktiken, wie mehrstimmiges Musizieren, Orgelspiel u. dgl. in ihre Klöster.
Durch die mächtige Ausbreitung ist der Z.-Orden bis zum Ausgang des Mittelalters mit ca. 1.600 Klöstern zum bedeutendsten Orden geworden. Glaubensspaltung und Reformation erschütterten im 16. Jh. viele Klöster, nicht wenige davon gingen unter. Das Generalkapitel von 1601 forderte gemäß dem Konzil von Trient die Abteien zu umfassender Erneuerung des monastischen Lebens und der Liturgie auf. Notwendig war eine Neustrukturierung des Ordens in Kongregationen und Provinzen. Der jüngste Reformimpuls ging vom Zweiten Vatikanischen Konzil (1963–65) aus. Jedes Kloster darf seither seine Liturgie mit Rücksicht auf seine verschiedenen Aufgaben selbst gestalten.
Bereits in der Gründungszeit des Ordens entstanden in Österreich einige Abteien, die heute zu den ältesten, kontinuierlich bestehenden Klöstern des Ordens gehören: 1129 Rein, 1133 Heiligenkreuz, 1137 Zwettl, 1142 Baumgartenberg (1784 aufgehoben), 1142 Viktring (1786 aufgehoben), 1146 Wilhering. Weitere Klöster folgten im Hoch- und Spätmittelalter: 1202 Lilienfeld (1789 aufgehoben, 1790 wiedererrichtet), 1202 Ödenkirchen bei Aigen im Mühlkreis/OÖ (ca. 1211 aufgelassen), 1272 Stams (1807 unterdrückt, 1816 wieder hergestellt), 1293 Engelszell/OÖ (1786 aufgehoben, seit 1925 Trappistenabtei), 1327 Neuberg an der Mürz (1786 aufgehoben), 1334 Säusenstein bei Ybbs/NÖ (1789 aufgehoben), 1444 Neukloster inWiener Neustadt (1881 in ein Priorat umgewandelt). 1620 wurde das ehemalige Nonnenkloster Schlierbach mit Mönchen besiedelt, 1854 übernahm der aus Wettingen/CH vertriebene Konvent das ehemalige Benediktinerkloster Mehrerau. Nur ungenau kann das Bestehen der Nonnenklöster angegeben werden: Gereut bei Neumarkt/St (1073 vermutlich als Benediktinerinnenkloster gegründet, später durch Reform in ein Z.innen-Kloster umgewandelt, 1208 nach Friesach verlegt, in der Reformationszeit aufgelassen, 1608 aufgehoben), Wien III, St. Niklas in der Landstraße (ca. 1200 gegründet, 1529 von Türken zerstört), Wien I, St. Niklas in der Singerstraße (ca. 1228 gegründet, 1385 in ein Studienkolleg umgewandelt), St. Bernhard bei Horn/NÖ (1269 gegründet, in der Reformationszeit aufgelassen), Heiligengeist vor Ybbs/NÖ (ca. 1290 gegründet, in der Reformationszeit aufgelassen), Schlierbach (1335 gegründet, 1554 aufgelöst), Mariastern-Gwiggen/V (1856 aus den aufgehobenen Schweizer Konventen Feldbach, Tänikon und Kalchrain besiedelt), Marienkron in Mönchhof/Bl (1955 vom Kloster Seligenthal/D als Priorat errichtet, seit 1991 Abtei), Marienfeld in Maria Roggendorf (1982 als Priorat des Klosters Mariastern-Gwiggen gegründet, seit 1991 selbständiges Priorat).
Die Entwicklung der Klöster war auf Grund verschiedener Bedingungen sehr unterschiedlich. Heiligenkreuz hatte schon früh einen Personalstand von über 300 Mönchen, einige besiedelten Tochterklöster, andere kämpften um das Überleben. Für die Kulturpflege (Rodung, Landwirtschaft, Landesausbau, Bautätigkeit u. a.) waren auch der Besitz des Klosters (Dotation), das wirtschaftliche Potenzial und der Personalstand ausschlaggebend. Das Ausbreiten der Bettelorden (Dominikaner, Franziskaner, Karmeliter, Augustiner-Eremiten) verringerte den Zulauf von Kandidaten, was manche Klöster empfindlich traf. Für die Musikpflege innerhalb der Klosterliturgie war anfänglich das exakte Einhalten der Vorschriften obligat. Die Skriptorien der Klöster mussten die erforderlichen Liturgiebücher selbst herstellen, was im Fall der Besiedelung eines Tochterklosters eine zusätzliche Arbeit darstellte. Die in einigen Klöstern erhaltenen Musikdokumente, die diesen strengen Vorschriften nicht entsprechen (z. B.: mehrstimmige Musik, Reimoffizien u. dgl.), dürften auf Aufführungen außerhalb der Mönchsliturgie bei besonderen Anlässen zurückgehen. Die unterschiedliche Frequenz des Wiener Studienkollegs (1384–1520) oder anderer Universitäten durch Klosterangehörige brachte auch neue Impulse für die Kulturpflege in die Klöster. Der im ausgehenden Mittelalter allerorts abnehmende Personalstand, die Bewirtschaftung des Klosterbesitzes, das Eindringen neuen Gedankengutes u. a. führten zur Verflachung der einstigen Ordensdisziplin. Reformatorische Ideen berührten auch die Klöster und erschütterten sie, das reguläre Klosterleben, Gottesdienste und Kulturpflege kamen zum Stillstand, einige Frauenklöster gingen unter. Die Wiederherstellung der alten Ordnung und der katholischen Liturgie ging ab Anfang des 17. Jh.s mit einer tiefgreifenden Erneuerung der Klöster einher. 1595 wurden zwei Generalvikariate für Österreich errichtet, die in der Folgezeit noch mehrmals neu angepasst und umbenannt wurden. Die Ausübung der Seelsorge in den inkorporierten Pfarren durch Mönche minimierte den Unterschied zu den anderen Ordenshäusern. Das Repräsentationsbedürfnis der Äbte, die jetzt auch Angehörige des Prälatenstandes der einzelnen Herzogtümer waren, wurde zu einem neuen Zweig der klösterlichen Kulturpflege. Ab 1780 griff in Österreich das josephinische Staatskirchentum massiv in Leben und Wirken der Mönchsklöster ein. Das Verbot der Verbindung mit ausländischen Ordensoberen und des Zusammenschlusses in Ordensprovinzen lösten den Ordensverband auf, zahlreiche Klöster wurden aufgehoben. Um die Mitte des 19. Jh.s kam die kirchliche Restauration auch in den Klöstern zum Tragen. 1854 konnten sich die Klöster in der Habsburgermonarchie zur Österreichischen Kongregation zusammenschließen und ihre ursprüngliche Eigenständigkeit verwirklichen.
Die repräsentative Musikpflege seit Anfang des 17. Jh.s hat in allen Klöstern kostbare Dokumente hinterlassen. Die Überlieferung von Musikalien für liturgische wie für diverse profane Anlässe, Musikinstrumentensammlungen, wertvolle Denkmalorgeln, der Nachweis von Sängerknabeninstituten und die Tätigkeit zahlreicher Musiker und Komponisten zeigen, dass die österreichischen Z.-Klöster trotz gewisser Unterschiede bis in die Gegenwart herausragende Leistungen erbracht haben.
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