Die Zisterze wurde 1136 von Peregrin I., dem Patriarchen von Aquileia/I, gegründet. Die ersten Mönche, die bereits früher in der Umgebung von S. lebten, kamen aus Rein und aus dem französischen Morimond, aus dem auch der erste S.er Abt Vincentius gekommen sein soll. Die ursprüngliche romanische Kirche, deren Kern heute von einem barocken Umbau verdeckt ist, wurde 1156 von Patriarch Peregrin geweiht. Etwa gleichzeitig entstanden der heute noch erhaltene Kreuzgang und die wichtigsten Klostergebäude. Die Bauarbeiten leitete ein urkundlich bezeugter „cementarius Michael“, ein gebürtiger „Latinus“. Die Klostergemeinschaft, die im Mittelalter etwa zehn Mönche zählte, später im 17. Jh. ungefähr 25, lebte von den Einkünften ihrer Ländereien und den Einnahmen der dem Kloster inkorporierten Pfarren. In der Zeit der Türkeneinfälle wurde das Kloster mindestens einmal (1471) verwüstet. 1784 wurde es im Zuge der josephinischen Reformen aufgehoben, lebte aber 1898 wieder auf, als Mönche aus dem Kloster Mehrerau einzogen. Ein Großteil der ehemaligen Klosterbibliothek befindet sich heute in Ljubljana, Wien und Wolfenbüttel/D.

Die Existenz einer Klosterbibliothek im 12. Jh. ist urkundlich durch die Erwähnung eines Bibliothekars namens „Maroldus armarius“ bezeugt. Der heute bekannte Bestand an mittelalterlichen Handschriften zählt ungefähr 47 Kodizes (ohne Fragmente), davon 32 aus dem 12. Jh. Viele davon entstanden im klostereigenen Skriptorium. In der 2. Hälfte des 12. Jh.s wurde die Herstellung von Handschriften v. a. von Abt Folknand gefördert, der als Auftraggeber der Handschrift A-Wn, Cod. 650 genannt wird. Einige S.er Kopisten sind auch namentlich bekannt (z. B. Bernhardus, erwähnt im Explizit von SI-Ln, Ms 8/II). Die S.er Bibliothek des 12. Jh.s besaß v. a. Standardwerke der patristischen Literatur, u. a. auch die Etymologien des Isidor von Sevilla, einschließlich des Buches über Musik. Als Zisterzienser müssen die Mönche eine gesungene Mess- und Offiziumsliturgie abgehalten haben, allerdings gibt es darüber nur spärliche Quellen. In einer Urkunde aus Rein von 1277 wird ein S.er „Gotfriedus cantor“ erwähnt. Auf eine musikpädagogische Betätigung weist ein vierzeiliges lateinisches Lied auf der ersten Seite der aus dem 12. Jh. stammenden Handschrift SI-Ln, Ms 8/II hin, dessen Text mit hexachordischen Tonbezeichnungen versehen ist. Die Melodie besteht aus fünf absteigenden Phrasen im Ambitus G–f. Sie könnte als Hilfsmittel zum Erlernen des mittelalterlichen Tonsystems gedient haben. Unter den S.er Kodizes befindet sich nur eine Choralhandschrift: ein 59 Folien umfassendes Graduale aus dem 12. Jh. (SI-Las, Coll. I, 1). Die Handschrift ist in typischer zisterziensischer Notation geschrieben; die liturgische Ordnung (z. B. die Verteilung der Allelujagesänge) folgt anderen zisterziensischen Handschriften und die Melodien zeigen Spuren zisterziensischer Choralbearbeitung (Abkürzung von Melismen, Verengung des Ambitus).

Auch die Sammelhandschrift SI-Ln, Ms 141 aus der 1. Hälfte des 15. Jh.s deutet indirekt auf eine praktische Musiktätigkeit der S.er Mönche. Außer verschiedenen lateinischen Texten enthält sie auch einige slowenische Texte, die die Mönche bei ihrem Pastoralamt verwenden konnten. Darunter sind die slowenischen Übersetzungen der marianischen Antiphon Ave regina caelorum und des deutschen Osterliedes Christ ist erstanden (Nas gospud ye od smerti stwal). Obwohl die beiden Texte einer Notation entbehren, wurden sie sicherlich auch gesungen. Das Musikleben der S.er Mönche in den letzten drei Jh.en vor der Auflösung des Klosters ist nicht erforscht.

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