1522 gab es bereits ein Positiv auf der Empore, 1680 wurde ein neues angeschafft. 1860 folgte ein Orgelbau durch Franz Meinl aus Ybbs/NÖ, 1914 einer durch F. Capek (II/14). 1982 errichtete Gr. Hradetzky bzw. Friedrich Heftner ein neues Werk (im alten Gehäuse, II/22). 2015 konnte eine neue tragbare Kleinorgel (I/4, „Marienorgel“) gesegnet werden. Besondere Erwähnung verdient jedoch die 1697 von J. U. Römer gebaute sog. Schifferorgel, ebenfalls eine tragbare Kleinorgel mit bemalten Seitenflügeln, die bei Prozessionen Verwendung fand (heute: Schifffahrtsmuseum Sp.). Finanziert wurde diese von der Corporis Christi-Bruderschaft, die auf eine Stiftung von 1428 zurückging und 1492 von Papst Alexander VI. bestätigt wurde. Die Bruderschaft hatte große Bedeutung für den Ort, es erfolgte nach Reformation (während dieser Zeit war ca. 1600 P. Homberger in Sp.) und Gegenreformation 1692 eine Neugründung. In ihrem Auftrag komponierte der Zwettler Organist Andreas Joseph Winkhler Anfang des 18. Jh.s drei deutsche Sakramentslitaneien. 1718 organisierte die Bruderschaft auch eine „Comödy in der Propstey“ am Karfreitag, vermutlich ein Passionsspiel (Geistliches Drama).
Die Pflege der Kirchenmusik lag über Jahrhunderte hinweg in den Händen der Schullehrer, 1486 wird erstmals ein solcher erwähnt. Namentlich können Matthias Hilger (ca. 1600), Caspar Leopold Gegenbauer (1716–46, † 1746), Johann Adam Doppelhamer (ab 1746, zuvor Mesner), Benno Doppelhammer, Caspar Anton Doppelhammer, Matthäus Hieß (bis 1836), Joseph Schütz (1836–48, † 1870), Mathäus Schütz (1848–72, * 1810, † 1872), Johann Wandl (1873–90), Robert Gaber (ca. 1890–95), Alexander Schreiber (1898–1912), Franz Turek (ab 1912), Karl Pittl (ca. 1922), Franz Lindner (ca. 1938, komponierte auch), Karl Nunzer (nach 1946, komponierte auch) genannt werden. Namentlich bekannte Organisten waren Michael Montag (ca. 1632), der auch als Reparateur von Orgeln belegt ist, und Georg Stephan Otto (ca. 1659). Das umfangreiche „Verrichtung Buch durch die ganze Chorwochen“ aus dem Jahr 1782 gibt einen bemerkenswerten Einblick in die liturgische Alltagspraxis der damaligen Zeit. Die jährliche Wallfahrt nach Maria Taferl/NÖ begleitete der Schulmeister mit zwei Singknaben. Der musikalische Austausch mit der Umgebung ist u. a. durch das Engagement der Thurner aus Stein /NÖ belegt, so 1728 zur Visitation durch den Passauer Fürsterzbischof.
Das umfangreiche (über 800 Titel) sog. alte Archiv des Kirchenchores umfasst v. a. Handschriften aus der Zeit von ca. 1780 bis 1914. Ein genaueres Studium des vorhandenen Materials stellt der Sp.er Kirchenmusikpflege ein eindrucksvolles Zeugnis aus. So sind z. B. neben Werken niederösterreichischer Kleinmeister u. a. auch Messen von J. Haydn (u. a. Paukenmesse, Nelsonmesse), M. Haydn, J. G. Albrechtsberger, J. Eybler, W. A. Mozart überliefert; besondere Erwähnung verdienen die bislang singuläre Überlieferung zweier Werke von M. Haydn (MH 47 und 97) sowie die Abschriften der Krönungsmesse für Napoleon I. von Étienne-Nicolas Méhul (eig. wohl von F. X. Kleinheinz) und der C-Dur-Messe von L. v. Beethoven (nachweislich zw. 1841/70 fünfmal aufgeführt). Der Notenbestand wurde ab dem beginnenden 20. Jh. (wohl unter Einfluss des Cäcilianismus) sukzessive durch ein neues Archiv ersetzt, in dem Drucke und weniger anspruchsvolle Werke dominieren. Das alte Archiv wurde 1977 zum Großteil nach Niederaltaich überführt. Heute (2016) leitet Walter Nunzer den Kirchenchor, an der Orgel unterstützen ihn Klaus Großinger, Maria Rupf und Michael Koch.
Die Gründung des Sp.er Männergesangvereins war 1845 ein Gemeinschaftswerk von M. Schütz, Johann Mühlberger und Pfarrer Ferdinand Wimmer – alle drei waren auch kompositorisch tätig. Letzterer fungierte zunächst als Vorstand des Vereins, 1847–61 jedoch als Chormeister. Erster Chormeister war J. Mühlberger, der neben seinem Brotberuf – 1857 war er „k. k. Lotto-Kollektant“ in Sp. – 1848 die Kapelle der Nationalgarde (Revolution 1848) leitete und auch in späterer Zeit als Kapellmeister gewirkt haben dürfte. Sein Sohn war K. Mühlberger, der dem Verein 1935 den Sp.er Gesangsvereins-Marsch widmete. M. Schütz dagegen fungierte 1861–72 als dritter Chormeister der Vereinsgeschichte, unter ihm sang der Chor höchst erfolgreich beim großen Sängerfest 1861 in Krems; er war der Vater des akademischen Malers Franz Schütz (1855–1945). Die Tätigkeit des MGV.s Sp. ruhte ab 1873, erst 1880 erfolgten eine Wiederbelebung und die Gründung eines Damenchores. Weitere Chormeister waren J. Wandl, A. Schreiber, F. Turek, Carl Jedek, K. Pittl, F. Lindner, K. Nunzer. Der Verein hatte ca. 1900 auch ein Hausorchester (Orchesterverein) und eine Theatergruppe. 1907 fand das 1. Wachauer Sängerfest in Sp. statt. K. Nunzer brachte in den 1950er Jahren Operetten von L. Fall und E. Eysler zur Aufführung, in den 1960er Jahren hörte man in Sp. große Orchesterwerke wie z. B. J. Haydns Symphonie Hob. I:104 oder Fr. Schuberts Unvollendete. Die 1956 gegründete Volkstanzgruppe wurde zehn Jahre später in den MGV Sp. integriert (derzeitige Volkstanzleiterin: Julia Donabaum). Erst Ende der 1960er Jahre erfolgte die Umbenennung in Wachau-Chor Sp., den seit 1987 M. Koch leitet. Seit 1974 besteht daneben der Singkreis Sp. (Leitung: Walter, Markus und Susanna Nunzer). Ab 1997 gab es einige Jahre auch den Kammerchor Sp.
1977 wurde die Sp.er MSch. ins Leben gerufen, 2004 in MSch. Wachau umbenannt (Leitung seither: M. Rupf). Im Rahmen der MSch. existiert auch ein Kinder- und Jugendchor (Living Voices, Leitung Gertraud Bachinger). Seit 1981/82 gibt es die Trachtenkapelle Sp., als Kapellmeister fungierten bislang Manfred Neureiter (1981–84) sowie Peter (1984–2006) und Klaus Koch (seit 2006).
Aus Sp. und Umgebung sind mehrere weltliche und geistliche Volkslieder überliefert (u. a. bei J. Gabler). Verschiedene Beiträge zur Gattung der „neuen“ Wachauerlieder komponierten K. Pittl, K. Nunzer, Ludwig Muther, Rudolf Süß, Ernst Schandl. Die Sp.er „Hymne“ (Perle der Wachau) komponierte Toni Donabaum.
J. A. Doppelhamers Sohn, Johann Sebastian (* 19.7.1733 Sp., † 12.4.1770 Sp.), trat 1753 in das Kloster Niederaltaich ein (P. Heinrich) und wirkte dort als Organist, Chorregent und Komponist, bevor er 1760 als Pfarrvikar in seinen Heimatort zurückkehrte. I. Fux war ca. 1800 Schulgehilfe in Sp., A. Bruckner 1917–22 Pfarrer und Dechant von Sp.
C. Hamberger, Musikleben im Markt Sp. an der Donau 2010; F. Anzenberger, nöbv. Niederösterr. Blasmusikverband 1999, 182; Erhart 1998; Eberstaller 1955; SK 29 (1981/82), 204; www.spitz-wachau.at (9/2016); www.tkspitz.at (9/2016); www.vtgspitz.at (9/2016); www.musikschule-wachau.at (9/2016); http://pfarre.kirche.at/spitz-donau/content/kirchenmusik (9/2016); https://opac.rism.info/ (9/2016); https://de.wikipedia.org/ (9/2016); www.digital-musicology.at/de-at/spitz.html (1/2017); eigene Recherchen.