Wie auch in vielen vergleichbaren Fällen ist die Musikgeschichte M.s nicht annähernd so gut erforscht wie seine Kunstgeschichte (z. B. Flügelaltar von Michael Pacher in der Wallfahrtskirche St. Wolfgang, 1471/81; 1513/18 Grabkapellen-Projekt K. Maximilians I. auf dem nahen Falkenstein; in der Stifts- und in umliegenden Pfarrkirchen Hauptwerke der Bildhauer Meinrad Guggenbichler und Thomas Schwanthaler, 17. Jh.) Hinsichtlich der Buchkunst hat M. zeitweise einen außerordentlichen Rang eingenommen, am stärksten zweifellos in der ober-italienisch (langobardisch) beeinflussten Frühzeit (vor 800 sind von nirgends so viele und beeindruckende Erzeugnisse bekannt, z. B. drei zwar nur fragmentarisch erhaltene, jedoch herausragende Evangeliare in Nürnberg/D, New York/USA, München und Prag; das sog. Ingolstädter Evangeliar, das sog. Norperth- Evangeliar, der Psalter von Montpellier/F; der sog. Cod. Millenarius von Kremsmünster ist zumindest von hier abhängig). Im Übrigen sind in der Folgezeit die Beziehungen nach Salzburg ebenso eng wie die nach Regensburg (Liutold-Evangeliar, 3. Viertel d. 12. Jh.s, möglicherweise in Salzburg ausgestattet). Nach einem wenigstens quantitativen Niedergang im 14. Jh. ist im 15. Jh. noch einmal ein gewisser Aufschwung zu beobachten. Auch die M.er Buchbinderwerkstatt hat zeitweise ganz hervorragende Arbeiten hinterlassen. So bedeutsam alle diese Beispiele in kunstgeschichtlicher Hinsicht sind, so wenig kann zur eig. musikalischen Seite gesagt werden.
Die mittelalterlichen Handschriften aus M. befinden sich heute überwiegend in der österreichischen Nationalbibliothek in Wien (insgesamt über 300, ca. 120 davon teilweise oder vollständig mit liturgischem Inhalt; über 30 teilweise und vollständig notierte Codices, zudem über 80 notierte Fragmentfaszikel). Drei Handschriften befinden sich in der oberösterreichischen Landesbibliothek, ca. 30 im oberösterreichischen Landesarchiv, eine kleine Anzahl in der Bibliothek der katholischen Privatuniv. Linz. Ein deutsches Susannen-Spiel wurde um 1500 in Cod. Wien ÖNB 3027 eingetragen. Von einiger Bedeutung ist ein anonymer Musiktraktat, der zwar erst in einer Handschrift des 14./15. Jh.s (ÖNB 5003) überliefert ist, aber älteres Gedankengut enthält. Er belegt nicht nur die Kenntnis von Motetten und Conductus des sog. Engelberger Typs, sondern ist v. a. als ein Versuch zu verstehen, gewisse Divergenzen in der mehrstimmigen Musik- und Notationspraxis des 14. Jh.s zu bereinigen.
Die Gründung des bis zur Aufhebung bestehenden Gymnasiums unter Abt Wolfgang Haberl (Herbelinus, 1499–1521) kam insofern der eines Sängerknabeninstituts gleich, als die Schüler zur Mitwirkung an der Figuralmusik verpflichtet waren. Ob diese hier ebenfalls bereits eine Frucht von in Konstanz gemachten Erfahrungen war, ist bestenfalls zu vermuten. Wie ein Visitationsprotokoll von 1451 belegt, hat es in M. zumindest ab dem 15. Jh. eine Orgel gegeben. Eine zweistimmige Eintragung in der M.er Sammel-Hs. ÖNB 4989 Venerari matrem sanctam lässt außerdem erkennen, wie man sich die Entstehung der Orgel-Tabulatur vorzustellen hat. Im letzten Viertel des 15. Jh.s interessierte man sich auch für die neuen Liedgattungen. Dies zeigt der Erwerb der sog. Mondsee-Wiener Liederhandschrift ebenso wie die um 1475 erfolgte Eintragung des Liedes Ich bin verwunt (neben einem Domine desiderium) in Cod. ÖNB 4015 durch den Konventualen Caspar de Altenburg; als geistiger Hintergrund ist der sog. Kloster-Humanismus zu sehen. Nicht auszuschließen ist ein musikalischer Einfluss der Umgebung K. Maximilians I. (der ja seit 1504 auch die Vogtei von M. innegehabt und vorübergehend mit dem Gedanken gespielt hatte, hier seine Grablege vorzusehen). Spätestens zu diesem Zeitpunkt ist auch mit der Einführung der Figuralmusik zu rechnen. Nach Einsetzen der Gegenreformation waren neben dem Schulmeister und dem Organisten auch zwei Choralisten als besoldete Musiker tätig und werden die ersten Namen sowohl weltlicher (Organist Salomon Waldhouven, Geiger Adam Leupichler, Trompeter Bernhard Pallenstorfer) als auch geistlicher Musiker (Caspar Stumbvoll, ca. 1626–90; Magnus Hildprandt, 1665–1708; Maurus Wagendorfer, ca. 1665–1712; Simon Kuchler, 1684–1749), allerdings nichts über deren relative Bedeutung bekannt. Eine Historia plus quam 1000 scriptorum musicorum des Konventualen und „insignis musicus“ Wolfgang Sams (ca. 1655–1731) ist leider nicht erhalten. Tüchtige Chorregenten waren die Ordensmitglieder Paulus Walser (ca. 1710–58), Thassilo Heuschober († 1784), Leonhard Bruckmayr (1735–76) und Sigmund Vonderthorn (1753–90). 1743 widmete der Regens chori von St. Zeno in Reichenhall/D Joseph Joachim Benedikt Münster sein „neü solennes vesper werckh“ (Helicon sacer seu Vesperae pro toto anno) dem M.er Abt Bernhard Lidl. Ein ähnliches Niveau setzen noch erhaltene Musikalien aus dem 18. (u. a. J. B. Hochreither, Valentin Rathgeber, Martin Gerbert, Johann Sebastian Diez, P. Lambert Kraus) und frühen 19. Jh. (einzelne Mozart- und Haydn-Abschriften, Johann Melchior Dreyer [Lotter], J. B. Vanhal) voraus; mit der Einführung des deutschen Normal-Messgesangs im Zuge des Josephinismus scheint man keine besondere Freude gehabt zu haben. Die 1737 von J. Chr. Egedacher geschaffene Chororgel existiert nicht mehr, ein Orgelpositiv von 1697 wurde um 1936 in die Filialkirche St. Lorenz transferiert und 2016 wieder an die Basilika M. (heute im Betchor) zurückgebracht. Architektonisch stammt es so wie das prachtvolle Gehäuse der großen Orgel von 1678 von M. Guggenbichler. Seit 1993 befindet sich darin ein Werk der elsässischen Orgelbaufirma Alfred Kern & fils.
Nach der Aufhebung des Klosters hatten, wie überall in vergleichbaren Orten, Laien (Dilettant) aus dem Markt M. die Aufrechterhaltung der Kirchenmusik-Tradition (v. a. in Form sog. Landmessen) übernommen. Große Verdienste um den Aufbau eines entsprechenden Musikarchivs hat sich der M.er Lehrer und Organist Jacob Daninger († 1870) erworben, nach ihm machte sich auch der Einfluss des Cäcilianismus bemerkbar. Auch nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil erklingen (1981) an den Hochfesten des Kirchenjahres „wieder, instrumental unterstützt durch auswärtige Kräfte, die großen Messen der Klassiker“. Seit 1992 ist hier und von hier aus die von Gottfried Holzer-Graf (* 1950) geführte Kantorei M. (Verein zur Förderung der Kirchenmusik) tätig. Seit 1989 werden in den ehemaligen Stiftsräumen die von A. Schiff als Kammermusik-Festival gegründeten Musiktage M. veranstaltet (Intendanz bis 1989 A. Schiff, 1999–2005 [als M. Tage] Chr. Altenburger und Julia Stemberger, 2006–09 H. Schiff, seit 2010 Auryn Quartett).
Beiträge von G. Walterskirchen/H. Metzger , G. Heilingsetzer u. K. Holter in D. Straub (Hg.), [Kat.] Das M.-Land. Gesch. und Kultur 1981; Wessely 1951; C. Pfaff, Scriptorium und Bibliothek des Klosters M. im hohen Mittelalter 1967; R. Strohm in Mus. disc. 38 (1984); Strohm 1993; R. Flotzinger in C. Corsi/P. Petrobelli (Hg.),Le Polifonie Primitive in Friuli e in Europa 1989; B. Schmid in W. Pass/A. Rausch (Hg.), Mittelalterliche Musiktheorie in Zentraleuropa 1998; H. Awecker, M. Markt, Kloster, Land 1952; R. Klugseder in JbOÖMV 156 (2011); R. Klugseder/A. Rausch, Quellen zur mittelalterlichen Musikgesch. M.s 2012; http://www.cantusplanus.at; www.wikipedia.org (6/2012); http://www.pfarre-mondsee.com (7/2017).
Robert Klugseder