1786 wurde Stadler zum Kommendatarabt des Stiftes bestellt, das mittlerweile in wirtschaftliche Schwierigkeiten geraten war. Stadler bemühte sich zwar um eine Sanierung, konnte jedoch die im Zuge der josephinischen Maßnahmen 1789 verfügte Aufhebung nicht verhindern. Die Wiedererrichtung erfolgte zwar nur 13 Monate später, doch waren sowohl das Archiv als auch die Bibliothek arg in Mitleidenschaft gezogen worden.
Mit der Wiedererrichtung 1790 gründete Abt Ignaz Schwingenschlögl das Knabenkonvikt neu und auch die Pflege der Musik nahm wieder breiten Raum ein. Neben sakraler Musik (Kirchenmusik) wurden auch Symphonien, Kantaten, Konzertstücke und Kammermusik aufgeführt und das kleine Haustheater wurde bespielt. Dazu kam die Anlage einer Musikbibliothek sowie der Ankauf von Instrumenten. Mit der Absetzung des Abtes 1802 verlor auch die Musik an Bedeutung; 1810 beschädigte zudem eine Brandkatastrophe die Stiftsanlagen schwer und vernichtete einen großen Teil der Musikalien und Instrumente sowie Bibliotheks- und Archivbestände.
1812 wurde Ladislaus Pyrker zum Abt gewählt. Er widmete sich mit großer Energie nicht nur dem Wiederaufbau, sondern entwickelte L. zu einem kulturellen Zentrum. Selbst ein Dichter, unterhielt er enge Kontakte zu zahlreichen Künstlern, unterstützte u. a. auch Fr. Schubert, der seine Gedichte Allmacht und Heimweh vertonte. Künstler wie J. Eybler, G. Hellmesberger, S. Neukomm u. v. a. waren zu Gast in L. und wirkten bei Aufführungen mit bzw. komponierten Werke für verschiedene Anlässe. Auch unter Pyrkers Nachfolgern Malachias Schweger, v. a. aber unter Abt Ambros Becziczka erfreute sich die Musik intensiver Pflege. So wurden regelmäßige wöchentliche Abendkonzerte mit Kammermusik veranstaltet. Neben der Aufführung musikalischer Werke beschäftigte man sich im Stift auch mit musiktheoretischen Fragen. Chrysostomus Amon (1819–89) war Regens chori und verfasste daneben mehrere theoretische Abhandlungen wie z. B. Das pythagoräische oder reine Quintensystem und seine Übereinstimmung mit der musikalischen Praxis (1861), die in den Wiener Neustädter Gymnasialprogrammen publiziert wurden.
1889 wurde Marian Lackinger Regens chori und Lehrer der Sängerknaben. Er war begeisterter Vertreter des Cäcilianismus, sodass die klassische Musik wesentlich an Bedeutung verlor. Diese Entwicklung wurde erst im Zweiten Weltkrieg überwunden. Mit der Auflösung des Sängerknabenkonvikts 1936 versiegte auch eine wichtige Quelle der Entdeckung und Heranbildung musikalischer Talente.
Zu den bedeutendsten Komponisten, die das Stift hervorbrachte, zählen neben M. Stadler Alberich Seidl (1759–1828), der etliche Kirchenmusikwerke komponierte, von denen sich sieben im Musikarchiv finden, und insbesondere Cornelius Scherzinger (1814–76), von dem ein umfangreiches Œuvre von etwa 60 kirchenmusikalischen Werken überliefert ist. 39 von ihnen sind im Musikarchiv zugänglich: Insgesamt weist das Musikarchiv rund 700 Werke verschiedenster Komponisten auf, wobei sich neben Drucken und Handschriften auch einige Autographe finden (u. a. auch A. Diabellis Virgo Maria, Beata es).
Neben dem Stift entstand im 19. Jh. ein weiterer Ort zur Pflege der Künste. Der Dichter I. F. Castelli ließ sich 1839 den Berghof, ein Biedermeier-Herrenhaus, als Sommersitz errichten. Viele Wiener Künstler, mit denen er regen Kontakt hatte, kamen dort zusammen. Dabei gab es jeweils musikalische Darbietungen. 1854 verkaufte Castelli den Berghof an den Wiener Arzt R. v. Vivenot, der, verheiratet mit der Sängerin Mathilde Hellwig, nicht nur Musikliebhaber war, sondern auch selbst dichtete und komponierte. Auch er organisierte musikalische Veranstaltungen und noch sein Schwiegersohn Alfred v. Lindheim folgte dieser Tradition. Erst am Beginn des 20. Jh.s endete die Rolle des Berghofs als Stätte der Begegnung von Künstlern.
Nach 1936 entwickelte sich aus dem Gesang- und Musikverein L. der Kirchenchor, der bis 1967 von Patres, von da an von weltlichen Musikern geleitet wird. Seit 1982 knüpft man in L. mit der Sommerakad., für die jeweils namhafte Künstler und Wissenschafter gewonnen werden, mit dem internationalen Kultursommer und mit dem Fest musica sacra an die lange kulturelle Tradition des Stiftes an, das mit seinen Räumlichkeiten und der Stiftsbasilika ein passendes Ambiente bietet.
P. Tobner, Das Cistercienser-Stift L. in Niederösterreich. Biographische Darstellung des Wirkens der Cisterciensermönche in dieser Babenbergerstiftung vom Jahre 1202 bis 1891 , 1891; P. Tobner, L. 1202–1902. Zur Erinnerung an die Feier des 700jährigen Bestehens 1902; I. F. Castelli, Memoiren meines Lebens , hg. v. J. Bindtner 1914; M. Matschik, Stift L. 1202–1952 , 1952; M. Glässer-Järten in Heimatkundliche Beilage zum Amtsblatt der Bezirkshauptmannschaft L. 10 (1961); B. Blei in SK 13 (1966); J. L. Pyrker, Mein Leben. 1772–1847 , hg. v. A. P. Czigler 1966; N. Mussbacher, Das Stift L. 1970; N. Mussbacher, Abt Matthäus Kolweiss von L. (1620–1695), 1975; C. Bertsch/E. Müller, Biographische Darstellung der Zisterzienser des Stiftes L. 1977; E. Müller, Geschichtlicher Abriss des Stiftes L. seit 1700, 1979; M. Merk in MusAu 2 (1979); W. Zechmeister, Christanus Campoliliensis. Die poetischen Werke, Diss. Wien 1989; K. F. Pirngruber, Abt Ambros (Anton) Becziczka und seine Zeit (1825–1861), 1997; B. Hanak, Musikgeschichte des Stiftes L. , Diss. Wien 2003; R. Klugseder, Quellen zur mittelalterlichen Musik- und Liturgiegeschichte des Klosters Mondsee 2012.