Der Mittelpunkt der Musik im Gottesdienst war bis ins 19. Jh. der einstimmige Choral, der sich am Ritus der römischen Kirche orientierte und in einer eigenen Tradition als F.-Choral entwickelte. Seit dem 16. Jh. lässt sich auch mehrstimmiges Musizieren nachweisen. Eine besondere Vorliebe bestand für das Kirchenlied in der Volkssprache. Für die theoretische und praktische Ausbildung der Ordensmusiker bzw. Ordenskantoren gab es schon bald eigene MSch.n.
Die Orgel wurde in ihren Klöstern nachweislich erst seit etwa 1600 verbreitet und eingesetzt. Meistens war der erste Organist ein Mitglied des Konventes, dem Mitbrüder oder auch Laien zur Seite standen. Ab dem 18. Jh. wurden für das Organisten- und Regens chori-Amt vermehrt Laien herangezogen, im 19. Jh. übernahm es vollständig der Schulmeister. Infolgedessen wurde die Ordensmusik immer mehr von den geistlichen Kompositionen weltlicher Musiker ersetzt.
Für die klostereigenen Kompositionen, die von Ordensangehörigen angefertigt wurden, standen oft nur geringe Mittel zur Verfügung. Daher entwickelte sich eine spezielle Art der Gebrauchsmusik (Orgel mit kleiner Gruppe von Sängerknaben und einigen Männerstimmen), die als F.-Musik in die Musikgeschichte einging (Franziskanermesse), in P. Singer ihren bedeutendsten Repräsentanten hatte und unter dessen Schüler P. A. Niedrist ihre letzte Blüte erlebte. Weitere Schüler Singers: G. Niederstetter, P. Hartmann v. An der Lan-Hochbrunn.
Österreichische Komponisten dieses Ordens sind v. a.: B. Amon, P. C. Anreither, Gerold Cathan (1707–36), A. Cesti, A. Damian, B. Engl, E. Faller, D. Finsterberger A. Giessel, Anselmo Gruber (1739–1806), M. Hauser, Qu. Himmer, Caecilian Huigens (1878–1966), Marcianus Klapper (1748–1820), J. J. Kliebenschädl, O. Krautschneider, I. Mohr, I. Müller, G. Negele, Franz Niedermaier (ca. 1656–1727), Eduard Panholzer (1628–90), G. Pichler, B. Planz, Angelo Predieri (1655–1731), Aeg. Schenkh, Basilius Schwarz (1777–1863), Bernardin Sokol (* 1888), Polykarp Szabo (* 1894), Angelus Tschortsch (1676–1740), Tiburtius Walter (* 1738), Marzellus Weitenhofer (1707–41), Alexander Widmann (ca. 1654–1718), G. M. Zahlfleisch und M. Zieglauer.
MGG 3 (1995); A. M. Klafsky in Musica Divina 9 (1921); P. Ä. Födinger in Spiritus et Vita Fratrum Minorum 7/3 (1927); P. Ä. Födinger in Spiritus et Vita Fratrum Minorum 16/1 (1937); E. Tittel, Österreichische Kirchenmusik 1961; F. Grasemann, Die franziskanische Messenkomposition im 17. und 18. Jh. Gezeigt an dem Notenbestand des Maria Enzersdorfer Klosterarchivs , Diss. Wien 1963.