Die ISM, die lt. Vereinsstatuten das Ziel verfolgt, das Erbe W. A. Mozarts zu bewahren, ist den wichtigen Kulturträgern Salzburgs zuzuordnen. Einen wesentlichen Beitrag zum kulturellen Leben Salzburgs leistet die ISM durch die Veranstaltung mehrerer Konzertreihen und Festivals. Während der Mozartwoche, dem Salzburger Musikfest im Winter, die seit 1956 in ununterbrochener Folge rund um den Geburtstag Mozarts stattfindet, wird systematisch versucht, alle Werke des Komponisten zum Erklingen zu bringen. Darüber hinaus veranstaltet der Verein ein kleines Festival im Frühjahr, Begegnung, sowie in der von Ende September bis Juni dauernden Saison mehrere Konzertzyklen mit heimischen Orchestern, dem Mozarteum Orchester Salzburg und der Camerata Salzburg, sowie Solisten- und Kammermusikabende.
Bekannt ist die ISM für ihre reichhaltigen Sammlungen, deren Anfänge auf Schenkungen der beiden Söhne Mozarts, Carl Thomas und Franz Xaver, zurückgehen. Die dem Verein testamentarisch vermachten Familienporträts, Instrumente sowie Brief- und Musikautographe ihres Vaters bilden neben anderen durch Schenkungen und Ankauf erworbenen Autographe den Grundstock für die beiden Museen der ISM, Mozarts Geburtshaus (Getreidegasse 9) und das Mozart-Wohnhaus (Makartplatz 8), die Bibliothek und das Archiv. In der sog. Bibliotheca Mozartiana, der größten Mozart-Bibliothek der Welt, wird jegliches Schrifttum über Mozart und seinen Umkreis gesammelt, das Mozart-Archiv verwaltet Dokumente zur Geschichte der ISM, Konzertprogramme und eine Bildersammlung.
Seit 1955 gibt die ISM in Zusammenarbeit mit den Mozart-Städten Augsburg/D, Salzburg und Wien in einer wissenschaftlich-kritischen Edition sämtliche Werke Mozarts heraus. Die Neue Mozart-Ausgabe (NMA), ein Jh.werk der modernen Mozart-Forschung, soll in gleicher Weise Wissenschaft und Praxis dienen.
Im Mozart Ton- und Film-Museum werden unterschiedliche Interpretationen Mozartscher Musik in Video und Audio erfasst und gesammelt. Die seit 1991 bestehende Sammlung hat nach der Wiedererrichtung des Mozart-Wohnhauses am Makartplatz im Jahre 1996 dort seinen Platz gefunden hat. Unterstützt wird die ISM bei ihren vielfältigen Aufgaben durch ordentliche und außerordentliche Mitglieder, Förderer, Sponsoren und Ehrenmitglieder sowie durch mehr als 70 ihr angeschlossene Mozart-Gemeinden und -Gesellschaften in aller Welt.
R. Angermüller/G. Rech, Hundert Jahre ISM Salzburg 1880–1980, 1980; Beiträge v. R. Angermüller, R. Schlie u. O. Sertl. in [Fs.] Die Wiedererrichtung des Mozart-Wohnhauses 26. Jänner 1996, 1996; G. Allmer in Das Orgelforum Nr. 13 (2010).