Benediktinerstift in Wien, 1155 durch den damaligen Babenbergerherzog Heinrich II. Jasomirgott als ältestes Kloster von Wien gegründet und mit Mönchen aus St. Jakob in Regensburg/D besiedelt. Neben der allgemeinen Pflege der Wissenschaft kümmerte man sich von Anfang an auch um die Musik und pflegte im Rahmen der täglichen Messe und des Stundengebetes (Offizium) den Gregorianischen Choral. Da die ersten Mönche alle in Irland geboren sein mussten, war es hinsichtlich der Frage, welche musikalische Tradition die Mönche der Gründungszeit verwendet haben, für die Forschung lange Zeit naheliegend, anzunehmen, dass auch die musikalische Tradition direkt mit Irland zusammenhängt bzw. die Mönche sogar Handschriften von dort nach Wien mitgebracht hatten. Neueste Forschungen zeigten aber, dass die musikalische Tradition nur wenige „irische“ Anteile (v. a. nur im Bereich der Auswahl der Gesänge und der Notationsformen) besitzt. Tatsächlich haben die ersten irischen Mönche auf dem europäischen Festland bereits bei der Gründung des Klosters St. Jakob (1111) auf Regensburger linienlos notierte Quellen zurückgegriffen und diese – wie es in Irland damals notationstechnisch bereits üblich war – einfach auf Linien gesetzt. Für die Wiener Tochtergründung genügte es, die im Regensburger Mutterkloster verwendeten Quellen abzuschreiben. In diesem Zusammenhang besitzt das Archiv des Sch.es noch Reste eines prächtig ausgestatteten Antiphonars (Ende 12. Jh.), dessen Herstellung Heinrich II. in Regensburg in Auftrag gegeben und dem Sch. anlässlich der Weihe der ersten Kirche (1200) geschenkt haben dürfte. In Wien selbst dürfte diese Handschrift dann für weitere Exemplare als Vorlagehandschrift gedient haben. Eigenfeste der irischen Kirche, die in der Regensburger Quelle gefehlt hatten (z. B. die Feste der Hll. Kilian bzw. Patrick), wurden später in Form von Nachträgen am Ende der Handschriften ergänzt. Von den zahlreichen Kodizes, die von den irischen Mönchen bis zum Verlassen des Wiener Klosters im Jahre 1418 verwendet worden sind, sind nur noch etliche Fragmente (hauptsächlich von Antiphonaren) erhalten geblieben, die heute als älteste Quellen des musikalischen Lebens in Wien angesehen werden.

Neben der Pflege der Musik existierte im Kloster bereits sehr früh auch eine Schule, in der Musik als Teil der Sieben Freien Künste (septem artes liberales) zur Grundausbildung gehörte. Auch wenn sonst die Informationen über das historische Schicksal dieser Schule fehlen, ist belegt, dass der letzte irische Abt, Thomas III. (1403–18), unter der Leitung eines Chormeisters eine MSch. und „Cantorey“ gegründet hat, die mit dem Verfall des iroschottischen Mönchtums und der Rückkehr der irischen Mönche in das Regensburger Mutterkloster 1418 zugrunde gegangen ist.

Nachdem das leerstehende Kloster 1418 von Benediktinern der Abtei Melk neu besiedelt worden ist, änderte sich die Tradition des Gregorianischen Chorals grundlegend, weshalb auch neue Gesangbücher für das Kloster angeschafft wurden und die alten, soweit sie nicht von den irischen Mönchen beim Verlassen Wiens mitgenommen worden sind, für buchbinderische Zwecke zerschnitten wurden. Auch von diesen neuen Büchern einstimmiger Musik sind heute nur mehr einige Fragmente erhalten.

Die weitere Musikentwicklung war stark vom Gebrauch der Musik im Rahmen der Liturgie bestimmt. Wie in anderen Klöstern kam es auch im Sch. innerhalb von Messe und Stundengebet zu einer Verwendung von mehrstimmig vertonten Gesängen, wie z. B. ein heute (2015) noch handschriftlich erhaltenes Magnificat des Arnold v. Bruck oder mehrere große gedruckte Chorbücher mit Werken von O. di Lasso belegen. Besonders bedeutend war in diesem Zusammenhang die Regierungszeit von Abt Johann VII. Krembnitzer (1500–18), der nicht nur eine Singschule beim Stift einführte, sondern auch 1517 die erste historisch belegbare Orgel der Kirche bauen ließ. Die nächsten Jahrzehnte belegen v. a. den ersten namentlich bekannten Organisten des Klosters, Meister Davit sowie seine Nachfolger W. Schmeltzl, J. Rasch, Mathias Faschang (?–?, um 1609), G. Piscator und Ullrich Hans Zettler (Zedler, ?–?, 1660–65).

Ende des 17. Jh.s wirkte J. J. Fux mehrere Jahre beim Sch. als Organist, Komponist und Gesangslehrer, wodurch einige seiner Kompositionen im Rahmen der Stiftsliturgie aufgeführt worden sein dürften. Trotzdem sind heute keine originalen Fux-Kompositionen mehr im Stift erhalten, die ältesten Abschriften fertigte C. Pachschmidt OSB während seiner Zeit als Stiftskapellmeister an. Seine Nachfolger T. Gsur, J. Eybler, I. Assmayr und J. B. Ziegler hinterließen dem Stift eine größere Zahl von eigenen Werken, die bei den verschiedenen Festtagen im Rahmen der Liturgie Verwendung fanden. Darüber hinaus wurden Anfang des 19. Jh.s durch den damaligen Prior Th. Zwettler viele in Wien beliebte kirchenmusikalische Werke, v. a. von J. G. Albrechtsberger, M. Haydn, W. A. Mozart und J. G. Reutter d. J. für den hausinternen Gebrauch angeschafft.

Zur instrumentalen Unterstützung wurde 1715 durch den kaiserlichen Hoforgelmacher Lothar Franz Walter eine große Orgel (II/24) errichtet, die 1804 durch ein neues Instrument (II/47) von I. Kober ersetzt wurde. Nach dem letzten Umbau dieser Orgel im Jahre 1959 durch F. Molzer d. J. entschloss man sich im Zuge der Gesamtrenovierung der Kirche, durch die Schweizer Orgelbaufirma Mathis 1994 eine Chororgel und 1996 eine neue große Orgel im historischen Gehäuse bauen zu lassen. Neben der liturgischen Verwendung im Rahmen des Stundengebets und bei den Kirchengesängen wurden diese Instrumente auch stets im Rahmen von mit Orchestern begleiteten Messen verwendet. Dafür zog der Regens chori, der normalerweise zugleich auch Musiklehrer am Schottengymnasium war, stets den von ihm selbst unterrichteten Chor des Gymnasiums heran, die Instrumentalisten kamen von auswärts. Auf diese Weise musizierte in der 1. Hälfte des 20. Jh.s P. A. Figlhuber OSB, der 1930–38 den Stiftschor leitete, oft mit Mitgliedern der Wiener Philharmoniker und führte so die lange kirchenmusikalische Tradition des Hauses erfolgreich fort. Unter Figlhubers Vorgänger, Sigismund Rudolf Friedl, war 1929 ein Kirchenmusikverein ins Leben gerufen worden, der jedoch nur kurzzeitig bestand (bis 1934). Nach Figlhubers Tätigkeit verschwanden die Orchester-Messen mehr und mehr aus der Liturgie und wurden v. a. unter der Leitung von P. Benedikt Popp OSB (1912–99) durch einzelne Aufführungen eines Chores und den Gemeindegesang ersetzt. In letzter Zeit setzte sich v. a. R. McGuire während ihrer Zeit als Stiftsorganistin (1990–2001) für eine Fortführung der kirchenmusikalischen Tradition des Stiftes im Rahmen der Liturgie und von Kirchenkonzerten ein. Auf ihre Initiative hin wurde 1997 ein eigener Kulturverein gegründet, der zahlreiche Orgelkonzerte mit international renommierten Musikern ermöglichte, 2005 aber wieder aufgelöst werden musste.

Hinsichtlich der Notenbestände des Stiftes legte J. Eybler den ältesten erhaltenen Katalog der Musikalien in zwei Bänden an, der von seinen Nachfolgern I. Assmayr und J. B. Ziegler fortgesetzt wurde, bevor Ziegler ein eigenes, auf drei Bände konzipiertes, aber nicht fertiggestelltes Verzeichnis begann. 1908 verfasste P. B. Losert OSB (1864–1916) ein neues Inventar des Musikarchivs, in dem alle damals vorhandenen Werke aufgelistet wurden. Zu diesem Zeitpunkt befanden sich die Musikalien noch in mehreren Kästen auf dem Orgelchor. Nach einigen Zwischenlagerungen kamen die Kompositionen ca. 1980 in ein eigens dafür eingerichtetes Musikarchiv, wo die Sammlung mit den Musikalien der Schottenpfarren St. Ulrich (Wien VII), Stammersdorf (Wien XXI), Gaweinstal/NÖ und Pulkau/NÖ erweitert wurde. Derzeit befinden sich mehr als 2.500 handgeschriebene kirchenmusikalische Kompositionen und mehr als 600 gedruckte Noten im Musikarchiv. Die gedruckten Noten stammen großteils aus den Nachlässen von P. A. Figlhuber und P. B. Popp.

Neben den Musikern des Stiftes standen noch zahlreiche weitere hochrangige Musikerpersönlichkeiten, wie z. B. A. Bruckner, J. Haydn, F. Liszt, W. A. Mozart, Fr. Schubert und R. Strauss in engem Kontakt zum Kloster. Aus dem 1807 neu gegründeten Schottengymnasium gingen u. a. O. Bach, der Cellist Friedrich Dolezal (* 2.8.1947 Wien), der Geiger und derzeitige Vorstand der Wiener Philharmoniker Clemens Hellsberg (* 28.3.1952 Linz), Th. Helm, L. Kunits, E. Kunwald, A. Lorenz, Joh. und Jos. Strauß sowie P. Planyavsky als Absolventen und spätere Musiker hervor.

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