Die meisten Musiktherapeuten wirken in Ostösterreich, während andere Bundesländer noch unterversorgt sind. Neben den klassischen Gebieten Psychiatrie, Psychosomatik und Entwicklungsretardierungen werden nun auch neue Bereiche erschlossen, in denen ein vorsprachlicher, emotionsbetonter Zugang zum Patienten nötig ist: Neurorehabilitation, Frühgeborene, Traumatisierungen, Schreibabys, Demenz-Erkrankungen, Strafvollzug, Suchterkrankungen etc. Auf leicht spielbaren Instrumenten oder mit der Stimme dienen die Musik bzw. einzelne ihrer Parameter überwiegend für: Anbahnung von Kommunikation und Beziehung; Öffnung von psychovegetativen Kommunikationskanälen; Offenlegung und Veränderung sozialer Interaktionsmuster; Nachreifung krankheitswertiger früher Defizite; klinische Diagnostik; kathartisches Freilegen verschütteter Emotionen und Traumata; Darstellung intrapsychischer Zustände und Konflikte; nonverbale Konfliktbearbeitung; Transformieren und Strukturieren von Desintegrationszuständen bei Zerfall der Persönlichkeit; Herstellung von Realitätsbezug über Symbolisierung; Anregung freier Assoziation; Probehandeln im Dienste von Problemlösung u. a.

Die österreichische und mitteleuropäische M. ist maßgeblich durch die „Wiener Schule der M.“ geprägt. Zwei ihrer Charakteristika geben in komprimierter Form den aktuellen Entwicklungsstand dieser Disziplin wieder: Es gilt ein „zentraler Stellenwert von musikalischem Handlungsdialog und musikalischer Improvisation (strukturiert/thematisch/kommunikativ/frei)“ und „Musiktherapeutische Techniken realisieren sich in der bewußten Verbindung von psychotherapeutischen Techniken und dem gezielten Einsatz musikalischer Qualitäten und sind den Kategorien Produktion/Reproduktion/Rezeption zuzuordnen“.

Der Einsatz von Musik zu kurativen Zwecken ist in allen Jh.en verbürgt, wenngleich früher deren Einbettung in einen kultisch-rituellen bzw. gesellschaftlichen Kontext die Regel war. Die Wurzeln der modernen M. in Österreich sind in der 1. Hälfte des 20. Jh.s in sog. Reformbewegungen zu finden. Diese gingen von einer neuen Lebensphilosophie des Schöpferischen in Kunst und Zivilisation aus, orientieren sich dabei oft an sog. primitiven Kulturen und entwickeln emanzipatorische Formen in vielen Bereichen. Erwähnt werden wollen die Wiederentdeckung von Rhythmus und Körper durch E. Jaques-Dalcroze und seine Schülerin Mimi Scheiblauer (1891–1968), die Erweiterung im Tanz durch R. Chladek in Laxenburg sowie Rudolf Steiners erste Eurythmieschule 1924 in Wien zur heilpädagogischen Übungsbehandlung durch den bewussten Umgang mit Ton und Worten. Die Rolle pentatonischer Flöten und Leiern bzw. eine spezifische Lehre der Intervalle haben die spätere M. nachhaltig beeinflusst, ebenso Carl Orff und sein Instrumentarium mit den diversen Stabspielen und Perkussionsinstrumenten – wenngleich auch das „Schulwerk“ selbst dem pädagogischen Bereich vorbehalten bleibt. Heinrich Jacoby (1889–1964), ein Schüler von H. Pfitzner, beschäftigte sich mit der Unbegabtheit in der Musik (Musikalität) und vertrat die Wichtigkeit des Improvisatorischen im schöpferischen Verhalten. Durch die Psychoanalyse erkannte er Unmusikalität als Verkörperung unbewusster Widerstände. In der Zwischenkriegszeit erarbeitete er mit den Tiefenpsychologen L. Deutsch und Alfred Adler (1870–1937) eine individualpsychologische Musikdidaktik, in welcher freies Klavierspiel und Ausdrucksförderung durch Selbsterziehung mit Musik im Vordergrund standen. Jacobys Gedankengut hat über Alfred Schmölz (1921–95) einen direkten Eingang in die klinische M. gefunden, z. B. mit der Schaffung einer „optimalen Hör- und Spielbereitschaft“, der Befreiung von einer „der größten Ängste, der Angst vor dem Falschmachen“ und mit dem „Üben ohne Übung“, einer Art Probehandlung. Die Naziherrschaft (Nationalsozialismus) zwang viele dieser Menschen ins Exil, u. a. die Wiener Musikerin V. Weigl, welche in den USA Musiktherapeutin wurde.

Anfang der 1950er Jahre erwachte in Österreich durch den Präsidenten der MAkad. in Wien, H. Sittner, sowie die Geigerin Editha Koffer-Ullrich das Interesse an amerikanischen Erfahrungen in M., welche dort an Kriegsveteranen und auch im zivilen Sektor angewandt wurde. Es folgten ihre Studienaufenthalte in Boston und an mehreren Kliniken. Die offizielle Geschichtsschreibung österreichischer M. beginnt mit der Gründung der Gesellschaft zur Förderung der Musikheilkunde am 26.11.1958, welcher prominente Vertreter der Wiener medizinischen und musikalischen Schule angehörten, u.a. Andreas Rett (Neuropädiater), Hans Hoff (Vorstand der Univ.sklinik für Neurologie und Psychiatrie), H. Sittner und E. Koffer-Ullrich. 1959 publizierte der österreichische Arzt Hildebrand Richard Teirich die erste Sammlung von Beiträgen im deutschsprachigen Raum (Musik in der Medizin) und veranstaltete im selben Jahr ein gleichnamiges internationales Symposium in Velden am Wörthersee/K.

Seit den 1960er Jahren werden kontinuierlich bis in die Gegenwart einschlägige Konferenzen und Vortragsreihen veranstaltet, u. a. durch die Herbert von Karajan Stiftung, das Herbert von Karajan Centrum (Karajan Stiftungen), den Österreichischen Berufsverband der MusiktherapeutInnen (gegründet 1984), das World Council for Psychotherapy WCP im Rahmen der Subsymposien. Das Wiener Institut für M. (gegründet 1997 durch Elena Fitzthum, Dorothee Storz, Dorothea Oberegelsbacher) widmet sich der Theoriebildung und publiziert die Fachbuchreihe Wiener Beiträge zur M. Im Zentrum stehen musiktherapeutische Techniken.

Die erste M.-Ausbildung Europas, der „Sonderlehrgang für Musikheilkunde“, wurde 1959 an der MAkad. Wien unter der Leitung von E. Koffer-Ullrich eingerichtet. Die Pionierphase endete 1970 mit der Umwandlung in einen „außerordentlichen Hochschullehrgang M.“ unter der Leitung von A. Schmölz, der die Weiterentwicklung der „Wiener Schule der M.“ mit differenziertem Fächerspiegel, musikalisch-improvisatorischem Unterricht, klinischen Praktika unter medizinischer Leitung (Andreas Rett, Otto Hartmann, Erwin Ringel) vorantrieb. Pioniere wie Albertine Wesecky lehren die Verwendung der Akkordischen Spannung zur Bildung von Motivation und Orientierung in der Behandlung entwicklungsretardierter Kinder, Ilse Castellitz verwendet Handglocken zur kommunikativen Improvisation im psychiatrischen Bereich, Georg Weinhengst setzt ebendort musikalische Kleinformen wie gesungene Kanons und deren akkordische Begleitung zur Gruppentherapie in der Hospitalismusprophylaxe ein, Margit Schneider verwendet rhythmisch-musikalische Bewegungsspiele in der Gruppentherapie mit Geistigbehinderten, Stella Mayr verbindet Gruppendynamische Konzepte mit musiktherapeutischer Improvisation zur Aufdeckung sozialer Rangordnungen. A. Schmölz vermittelte das musikalische Partnerspiel, musikalische Dialoge, Überraschungsspiele, assoziative Improvisationen als Techniken der Persönlichkeitsentwicklung und Diagnostik. 1992 folgte die Umwandlung in ein ordentliches „Kurzstudium M.“ mit deutlicher Anlehnung an ein psychotherapeutisches Wirkungsfeld: Musiktherapeutische Selbsterfahrung für die Ausbildungskandidaten wurde eingeführt. Anfang der 1990er Jahre wurde M. als ein Quellenberuf in das Psychotherapiegesetz aufgenommen. Alle Lehrenden der dritten Generation sind zusätzlich psychotherapeutisch qualifiziert und entwickeln die musiktherapeutische Disziplin als Wissenschaft in ihrem psychotherapeutischen Potential weiter. 2003 trat die Studienordnung des „Ordentlichen Diplomstudiums M.“ mit dem Titel Mag. art. in Kraft.

1982–86 existierte unter der Leitung des Psychologen Lazar Curic am Mozarteum in Salzburg ein „Allgemeiner Hochschullehrgang für M. in der Rehabilitation psychisch Behinderter“; seit 1989 existiert unter der Leitung von Gerhard Kadir Tucek (* 1961) die private „Schule für Altorientalische Musik- und Kunsttherapie“ in Schloss Rosenau/NÖ, welche seit 1997 als Lehrgang in Kooperation mit der MHsch. in München und der Marmara Univ. Istanbul geführt wird. Diese Richtung knüpft an die altorientalische rezeptive M. in der Tradition des Sufismus an; in Linz bietet eine Pädagogische Akad. einen Weiterbildungsschwerpunkt M. an.